Caractérisation des ressources phytogénétiques : l’ISRA, l’IRD et le CIRAD forment de jeunes chercheurs aux données de séquençage haut débit

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Publié le vendredi 24 juin 2016 16:12

 

L’Institut pour la Recherche et le Développement (IRD) l’Institut Sénégalais de Recherches Agricoles (ISRA) et le Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD) ont formé vingt et un (21) jeunes chercheurs et doctorants issus de douze (12) universités et instituts de recherche de l’Afrique de l’Ouest sur l’utilisation des données de séquençage haut-débit (Next Generation Sequencing ou NGS) : de l’obtention du fichier VCF aux analyses de génomiques des populations. L’objectif de cette formation qui s’est tenue du 26 mai au 3 Juin 2016, au Centre d’Étude Régional pour l’Amélioration de l’Adaptation à la Sécheresse (CERAAS) de Thiès au Sénégal était de renforcer les compétences de ces jeunes chercheurs et doctorants dont les activités de recherche nécessitant l’utilisation de données issues de séquençage haut-débit dans le cadre de projets autour de la caractérisation des ressources phytogénétiques. De manière spécifique, la formation « Données de séquençage haut débit: traitements, statistiques et analyses génomiques des populations »,qui a pu bénéficier du cluster informatique récemment mis en service au CERAAS a permis aux bénéficiaires de s’imprégner des points suivants :

-Comprendre les pipelines bioinformatiques

-Savoir manipuler (préparation et filtration) les fichiers de séquences 

-Etre capable d’évaluer la qualité des données

-Réaliser des analyses de diversité génétique et de structure génétique

-Réaliser des approches de détection de gènes sous sélection

-Réaliser des analyses de génomique d’association.