Au milieu des années 1990, l’ISRA s’était engagé dans une réflexion prospective qui a abouti à un projet d’entreprise dans lequel l’Institut a construit une vision d’avenir pour horizon 2015.

L’organisation de l’ISRA est faite en structures de recherche opérationnelles (centres nationaux et régionaux autonomes, laboratoires, Direction générale, Bureau d’Analyse macroéconomique, Unité de Valorisation, structures de production de semences et de vaccins). Cette organisation marque la volonté de l’ISRA de se mettre au service des utilisateurs. Les Centres nationaux et régionaux disposent à leur tour de laboratoires et stations de recherche qui, au delà des parcelles et des activités réalisées, constituent le patrimoine de l’ISRA (voir organigramme).

L’organisation de l’ISRA c’est un ensemble d'individus regroupé au sein de la structure et ayant un système de communication pour faciliter la circulation de l'information, dans le but de répondre à des besoins et d'atteindre des objectifs déterminés articulés autour de la recherche scientifique.

C’est 481 agents composés de chercheurs dans le domaine des sciences agricoles, des ingénieurs, des techniciens et administratifs œuvrant au service d’un dispositif de recherche unique.

Par ailleurs, doctorants, stagiaires et chercheurs sont accueillis régulièrement au sein de l’ISRA.

L’ISRA met en œuvre des dispositifs originaux et bases de données autour de différents thèmes réparties au sein de plusieurs domaines scientifiques (Alimentation humaine, Biologie végétale, Produits issus de l’agriculture, Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques, Environnement, agronomie, Animale, Génétique et amélioration des espèces animales et végétales,...).