Modélisation de niches écologiques de Culicoides et réalisation de cartes de transmission de la Fièvre Catarrhale Ovine au Sénégal

Profil : statisticien
Durée : 6 mois
Niveau : master 1 ou master 2
Début des entretiens de stage : 10 Décembre 2018
Début du stage : 1er Février 2019
Lieu du stage : ISRA, BP 2057, Dakar-Hann

Thème du stage :

Le stage s’insère dans les activités du projet PALE-BLU dont un des objectifs est de mieux estimer le risque de la diffusion de la Fièvre Catarrhale Ovine (FCO) en relation avec des facteurs anthropiques, environnementaux et écologiques. Plusieurs bases des données constituées par l’ISRA, le CIRAD et leurs partenaires constitueront les supports initiaux pour le/la stagiaire sélectionné(e).
L’objectif de ce stage est d’élaborer des cartes de risque de transmission de la FCO en utilisant les résultats de la première partie.
Les missions du stagiaire sont :
• Faire une recherche bibliographique sur les modèles de transmission de la FCO afin d’en sélectionner le meilleur pour le développement de cartes de risque [1-2 mois]
• Estimer le taux de reproduction de la maladie (R0) par approche « Next Generation matrix » (Diekmann, O., Heesterbeek, J. A. P. & Roberts, M. G. The construction of next-generation matrices for compartmental epidemic models. J R Soc Interface 7, 873–885 (2010))
• Calibrer les données sérologiques disponibles [1-2 mois]
• Elaborer des cartes de transmission de la FCO [1-2 mois]
Vous travaillerez essentiellement avec le logiciel R et vous devez avoir une expertise en traitement et analyse de données. L’ensemble des analyses devant être facilement lisibles et reproductibles, une maitrise des outils de bonnes pratiques de reproductibilité scientifique serait considérée comme un plus (e.g., github, Rmarkdown).
Une maîtrise de l’anglais oral et écrit est nécessaire.
Date de limite de soumission des candidatures (CV+lettre de motivation): 6 Décembre 2018

Contacts – informations :

Dr Mamadou Ciss: mamadou.ciss@isra.sn
Dr Andrea Apolloni : andrea.apolloni@cirad.fr

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